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开颅手术有非常大的风险，首先麻醉的危险性，麻醉药物过敏、休克、急性心肌梗塞或心率不整、心脏衰竭、肺水肿、急性脑中风等。手术的危险性，术中术后出血：可能会并发硬膜外、硬膜下及脑出血。脑组织由於术中长时间牵引或局部血流受到影响，有时术中或术后会有脑肿现象，这种情况在以肿瘤为致癫痫原因的病患尤为明显。有些癫痫手术若造成某些重要供应血管痉挛或收缩，会导致术后病患有偏瘫现象。很重要的一点是如果没有专业的仪器，不能精确的检查出来病灶准确所在地，即使动了开颅手术，也不能完全彻底的切除放电神经组织，术后颅脑损伤导致病情加重，因癫痫病是一种不可逆转的疾病，会随着时间的增加而病情加重，产生新的神经性功能障碍。
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